Построена в 1803-1841 гг. Само село Ишим раскинулось на правом возвышенном берегу реки Яи, вытянувшись вдоль главной улицы Трактовой (ныне ул. Декабристов) Томско-Красноярского участка бывшего Московского тракта. Основание села в 1726 г. связано с переселением крестьян из Ишимской волости Тобольской губернии.

В 1798 г. открыт самостоятельный приход. Сначала службы проводились в молитвенном доме. Первая деревянная Спасская церковь была построена до 1781 г. Соседство Московско-Сибирского тракта делало экономически выгодным положение села. Постоянно увеличивалось число жителей. Появляется необходимость в сооружении нового храма для большого числа прихожан. В 1803 г. закладывается и начинает строиться кирпичная церковь, однако за неимением достаточных средств сооружение ее растянулось на несколько десятилетий. Так, придел с левой стороны свт. Николая Мирликийского чудотворца построили и освятили еще в 1815 г., а центральный придел Спаса Нерукотворного Образа сооружен был лишь в 1841 г. И все же храм не в состоянии был вместить во время престольных праздников всех прихожан разрастающегося села, которое ко второй половине ХIХ в. получает статус волостного. В 1852 г. стараниями крестьянина села Ишимского каменщика Симеона Игнатьева Алькова возведен третий правый придел свт. Иннокентия Иркутского.Пока на протяжении нескольких лет сооружались церковные приделы, основное здание с колокольней постепенно ветшало. В августе 1881 г. указом Томской Консистории церковь запечатали из-за разрушений в главном Спасском приделе по причине просадки под тяжестью центрального купола, колокольни и крестов. Однако по просьбе прихожан в двух боковых приделах: Иннокентьевском и Николаевском - разрешили проводить службы. При церкви имелась библиотека с книгами и журналами богословского, нравоучительного и исторического содержания, которыми пользовались прихожане и причт, в составе священника и псаломщика. За многолетнюю историю на службах в храме были многие выдающиеся исторические личности: молодой Цесаревич Николай II во время своего возвращения из Японии в июле 1891 г., декабристы по пути в ссылку, писатель А.П. Чехов по дороге на Сахалин.

Состав прихода на 1914 г.: с. Ишимское; дд. Медведчикова, Тихеевка (7), Покровская (12). Состав причта: священник и псаломщик. Прихожан 3250 чел., в том числе инославных и иноверцев 50 чел. Земли при ней числилось 99 десятин. Благочиние 3 Томского округа. В приходе имелись две церковно-приходские школы в дд. Тихеевке и Покровской; два училища гражданского ведомства в с. Ишимском и д. Медведчиковой; церковная библиотека.

Первая мировая война и революция потрясли всю Россию. Церковь в конце 1920-х годов постигла участь всех других храмов. С ее разграблением исчезли планы застройки села и земельных угодий середины ХIХ в., книги, великолепные иконы и церковная утварь. Гражданская война, коллективизация наложили свой отпечаток как на уклад жизни, так и на планировочную структуру села. Некогда величественно возвышавшаяся над селом церковь с декоративно-пластическими приемами «сибирского барокко» остается в руинах, хотя и поставлена на государственную охрану как памятник архитектуры, а обновленная жилая застройка подошла вплотную к южному и западному ее фасадам. Церковь была закрыта 23 февраля 1930 г. С нее были сняты колокола, а само здание приспособлено под зерносклад.

В 1994 г. московским архитектором А.Г. Афанасьевым подготовлен «Проект зон охраны и генеральная схема развития экомузея Ишим», одним из главных объектов которого станет каменный храм. Его реставрация намечена по проекту В.Н. Усольцева и П.Г. Тиманова. Однако реализация проекта за отсутствием средств пока приостановлена. По своему объемно-пространственному решению, по элементам сохранившихся наличников окон, восьмигранному барабану с волютами, карнизам колокольни Спасская церковь сильно напоминает Духовскую церковь города Томска. (http://map.kneparhia.ru)

"Стены этой церкви помнят Радищева, протопопа Аввакума, Чернышевского… По большим праздникам приходили в церковь жители ближайших сел, проделывая зачастую большие расстояния, по времени занимавшие 1-2 дня пути.
В свое время Александр Радищев совершил в этой церкви, от которой теперь остались лишь развалины, молебен за победу русских войск в Крымской войне и поставил свечу за упокой своей жены" (Ольга СТРИКУН).